Suponiendo que tienes un sistema de coordenadas cartesianas en 3 dimensiones. Lo primero es definir las direcciones de los ejes x, y, z. Normalmente, los ejes x e y se situán en el plano horizontal y el eje z perpendicular a estos dos hacia arriba. Una vez tienes los ejes definidos dadas unas coordenadas (x,y,z) (siempre en ese orden) puedes representar cualquier figura en el espacio tridimensional.
Si te estas refiriendo a coordenadas esféricas como las que se usan para situarse en la superficie de la tierra, nuevamente lo importante es tener bien definido el sistema de coordenadas, en este caso en términos de longitud y latitud.
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